第1話「太陽に挑む者」2003/10/04
第2話「禁忌の身体」2003/10/11
第3話「おかあさん……」2003/10/18
第4話「愛の錬成」2003/10/25
第5話「疾走!機械鎧(オートメイル)」2003/11/01
第6話「国家錬金術師資格試験」2003/11/08
第7話「合成獣(キメラ)が哭く夜」2003/1/15
第8話「賢者の石」2003/11/22
第9話「軍の狗<いぬ>の銀時計」2003/11/29
第10話「怪盗サイレーン」2003/12/06
第11話「砂礫の大地・前編」2003/12/13
第12話「砂礫の大地・後編」2003/12/20
第13話「焔 vs 鋼」2003/12/27
第14話「破壊の右手」2004/01/10
第15話「イシュヴァール虐殺」2004/01/17
第16話「失われたもの」2004/01/24
第17話「家族の待つ家」2004/01/31
第18話「マルコー・ノート」2004/02/07
第19話「真実の奥の奥」2004/02/14
第20話「守護者の魂」2004/2/21
第21話「紅い輝き」2004/2/28
第22話「造られた人間」2004/3/6
第23話「鋼のこころ」2004/3/13
第24話「思い出の定着」2004/3/20
第25話「別れの儀式」2004/3/27
第26話「彼女の理由」2004/4/3
第27話「せんせい」2004/4/10
第28話「一は全、全は一」2004/4/17
第29話「汚れなき子ども」2004/4/24
第30話「南方司令部襲撃」2004/5/1
第31話「罪」2004/5/8
第32話「深い森のダンテ」2004/5/15
第33話「囚われたアル」2004/5/29
第34話「強欲の理論」2004/6/5
第35話「愚者の再会」2004/6/12
第36話「我が内なる科人(トガビト)」2004/6/19
第37話「焔の錬金術師」「戦う少尉さん」 「第十三倉庫の怪」2004/6/26
第38話「川の流れに」2004/7/3
第39話「東方内戦」2004/7/10
第40話「傷痕」2004/7/17
第41話「聖母」2004/7/24
第42話「彼の名を知らず」2004/7/31
第43話「野良犬は逃げ出した」2004/8/7
第44話「光のホーエンハイム」2004/8/14
第45話「心を劣化させるもの」2004/8/21
第46話「人体練成」2004/8/28
第47話「ホムンクルス封印」2004/9/4
第48話「さようなら」2004/9/11
第49話「扉の向こうへ」2004/9/18
第50話「死」2004/9/25
第51話2004/10/2
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